En 1987, Jean-Michel Aulas devient le nouveau président de l'OL, qui évolue en D2. Il est alors âgé de 38 ans.
Robert Nouzaret a été le premier entraîneur de l'ère Aulas.
Entraîneur de Lyon de 1988 à 1993, Raymond Domenech (à gauche) permettra au club de retrouver l'élite en 1989. Le fidèle Bernard Lacombe (à droite), lui, occupera plusieurs casquettes à l'OL, et dirigera également l'équipe de 1996 à 2000.
Jean-Michel Aulas peut trinquer et hurler sa joie. Nous sommes en 1989, et le club, champion de D2, retrouve officiellement l'élite.
L'OL regoûte à la Coupe d'Europe en 1991. Jean-Michel Aulas a l'air inquiet avant de voir son équipe affronter Trabzonspor. Il peut l'être. Après avoir sorti les Suédois de l'Östers IF (1-0, 1-1), Lyon est éliminé en 16es de finale de la Coupe de l'UEFA par les Turcs (3-4, 1-4).
Le 31 octobre 1995, Lyon accomplit son premier exploit européen de l'ère Aulas, en 16es de finale retour de la Coupe de l'UEFA. Grâce à des buts de Maurice et Assadourian, la formation de Guy Stéphan s'impose sur la pelouse de la Lazio Rome (2-0) de Nesta, Di Matteo, Casiraghi, Boksic ou Signori, et file en 8es.
L'équipe de Lyon en 1996-1997. En bas à gauche, Guy Stéphan deviendra, le 28 octobre 1996, le premier entraîneur démis de ses fonctions par Jean-Michel Aulas en cours de saison dans l'élite.
En faisant signer Sonny Anderson en 1999 en provenance du FC Barcelone, Jean-Michel Aulas réalise le transfert qui fait franchir un cap à l'OL. Une arrivée également permise par l'investissement du groupe Pathé, entré cette année-là dans le capital du club.
Quatorze ans après sa prise de fonction, cinq ans après une première finale perdue contre Metz (0-0 a.p., 4-5 aux t.a.b.), le dirigeant gagne en 2001 son premier trophée, son équipe battant Monaco en finale de la Coupe de la Ligue (2-1 a.p.). Le seul succès de l'OL dans l'épreuve, malgré quatre autres finales ensuite (2007, 2012, 2014, 2020).
Un an plus tard, en 2002, Lyon remporte le premier titre de champion de France de son histoire, après avoir renversé Lens lors de l'ultime journée à Gerland (3-1). Déjà vice-champion en 1995 et 2001, Jean-Michel Aulas pose fièrement ici avec Luyindula, Govou et Bréchet.
Lyon a remporté toutes les éditions du Trophée des champions de 2002 à 2007. Ici, la joie lors de la victoire en 2004, face au PSG (1-1, 7-6 aux t.a.b.). Son dernier succès dans l'épreuve a eu lieu en 2012 (2-2, 4-2 aux t.a.b., contre Montpellier).
De toutes ses rencontres avec les autres présidents, celle avec Pape Diouf, disparu le 31 mars 2020, aura profondément marqué Jean-Michel Aulas.
Lors de la saison 2007-2008, l'OL gagne son 7e titre de champion d'affilée, et Jean-Michel Aulas peut parader devant les supporters lyonnais. Les sept sacres ont été acquis avec comme entraîneurs Jacques Santini (2002), Paul Le Guen (2003, 2004, 2005), Gérard Houllier (2006, 2007) et Alain Perrin (2008). Lyon n'a plus gagné le Championnat depuis.
En 2008, l'OL réalise même le doublé Coupe-Championnat, le seul de son histoire. Ce succès en Coupe de France, permis par un but de Govou contre le PSG (1-0 a.p.), met un terme à 35 ans d'attente dans la compétition pour Lyon.
L'un des moments forts de la présidence d'Aulas. Miralem Pjanic vient de tromper Iker Casillas à Bernabeu, et l'OL élimine, en 2010, le Real Madrid de Cristiano Ronaldo en 8es de finale de la C1 (1-0, 1-1), son plus grand exploit dans l'épreuve. Il ira jusqu'en demi-finales (0-1, 0-3 contre le Bayern Munich) cette saison-là, sa meilleure performance dans la compétition (égalée en 2020).
Battue en finale l'année précédente, l'équipe féminine de l'OL triomphe en finale de la Ligue des champions en 2011, en prenant le dessus sur Potsdam (2-0), rencontre durant laquelle Wendie Renard a ouvert le score. Pour la première fois, un club français monte sur le toit de l'Europe chez les femmes.
Avec Rémi Garde comme entraîneur, Lyon remporte sa cinquième Coupe de France en 2012, contre Quevilly, grâce à un but de Lisandro (1-0). Il s'agit du dernier grand trophée remporté par la section masculine du club.
Aulas fait le pitre devant Michel Platini et Karl-Heinz Rummenigge, lors de la finale de la Ligue des champions féminine en 2012. L'OL s'impose dans l'épreuve pour la deuxième fois, face à Francfort (2-0) au Stade Olympique de Munich, devant une affluence record (50 212 spectateurs).
Grande étape dans l'histoire de l'OL : le chantier du grand stade est lancé en 2013. L'inauguration aura lieu le 9 janvier 2016 face à Troyes (4-1).Pour sa trentième année à la présidence du club, Aulas voit l'OL atteindre les demi-finales de la Ligue Europa contre l'Ajax Amsterdam (1-4, 3-1), en 2017, la meilleure performance du club en C3. Ce beau parcours aura toutefois été entaché de graves débordements, lors du quart de finale aller face à Besiktas (2-1), au Groupama Stadium.
Plus grand joueur de l'histoire du club (100 buts de 2001 à 2009), Juninho est revenu à l'OL au terme de la saison 2018-2019 en tant que directeur sportif, Jean-Michel Aulas cherchant à déléguer une partie de son pouvoir à l'ancien milieu brésilien. Rongé par les mauvais résultats et le stress, lassé de certains combats en interne, le Brésilien partira en décembre 2021.
En 2019, l'OL entre au capital de l'Asvel, présidée par Tony Parker, donnant une nouvelle dimension au mythique club de basket villeurbannais. En 2020, le meneur aux 4 titres NBA intègre le conseil d'administration d'OL Groupe. À l'époque, il se murmure que Parker pourrait à terme succéder à Aulas, mais il quittera finalement le conseil d'administration de l'OL lors de la vente à John Textor en décembre 2022.
Le 21 mai 2022, l'OL féminin bat le Barça 3-1 au Juventus Stadium de Turin et s'offre son huitième titre en Ligue des champions.
Le 21 juin 2022, John Textor, à la tête de la société Eagle Football Holdings LLC, anime une conférence de presse au côté de Jean-Michel Aulas pour annoncer le rachat du club. Il faudra attendre encore six mois pour que la vente devienne officielle. Lors du rachat, un accord est conclu pour laisser l'emblématique président encore trois ans à la tête du club, mais les crispations n'ont fait que s'accumuler, jusqu'à l'officialisation du départ d'Aulas ce lundi.